福音（Evangelion エヴァンゲリオン）は、ギリシャ語 εὐαγγέλιον, euangelion に由来する言葉で「良い（euエウ- 、”good”）知らせ（-angelion アンゲリオン、”message”.）」を意味する。
またその頭3文字を取った略称Evaは、聖書の創世記に登場する最初の女性である「エバ（イヴ）」にもかけられている。
使徒
「使徒」とは、NERV（ネルフ）本部のある第3新東京市に襲来する、謎の生命体の呼称である。他の使徒と連携することはなく、必ず単体で襲来する。各使徒の名前の由来は、聖書偽典のエノク書の天使の名に由来する。
旧約偽典「ヨベル書」によれば、アダムの子孫は代々天使と人間の間に生まれた娘と結婚し、その一族エノク、メトシェラ、ノアなどが生まれたという。
アダム
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南極で発見されセカンドインパクトを引き起こしたとされる光の巨人。名前の由来は、最初の人間であるとされる「アダム」から。第3 – 16使徒以降の使徒を生み出した「生命の源」であり、生命の実を得た存在。
最初の人（アダム）は、アドナイ（ヘブライ語で「主」の意味に読み替えた発音）・エロヒム（複数男性名詞）によってその息吹と土から創造され、エデンの園を耕し守るために置かれた男とされている。
リリス
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アダムとは異なる「生命の源」であり、アダム系を除く全ての地球上の生物の始祖であり、その最終形態として人類（＝第18使徒リリン）を生み出した存在。
アダムにはイヴ以前に妻がいたということだ、と信じられることがある。リリスがアダムの最初の妻であるとした中世の文献は『ベン・シラのアルファベット』（en:The Alphabet of Ben-Sira）で、8世紀から11世紀ごろにかけて執筆された（著者不詳）。
リリスはアダムの元から離れたあと、ルシファーと結婚し、二人の間にリリンが産まれたと知られている。
堕天使ルシファー = 魔王サタン
ロンギヌスの槍
生命の種＝始祖アダムや始祖リリスとセットになっている彼らの活動を止めるための保安措置だと説明され、自律稼動する生命体だとされる。
十字架上のイエス・キリストの死を確認するため、わき腹を刺したとされる槍である。
槍を刺したローマ兵の名をとって、「ロンギヌスの槍」（仏：lance de Longin, 独：Longinuslanze, 英：Lance of Longinus）とも呼ばれる。
SEELE（ゼーレ）のマーク/リリスの仮面（旧エヴァ）
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7つの目のマークは「黙示録の仔羊」から引用されている。
黙示録の仔羊（もくしろくのこひつじ）とは、『ヨハネ黙示録』に記されている羊である。同書の第5章6節「子羊には7つの角と、7つの目があった。この7つの目には、全地に遣わされている神の7つの霊である」とある。
新劇場版では出渕裕の手によってマークが改められ、従来の7つの目に「知恵の実」とされるリンゴと、イヴにそれを食すよう唆したヘビが加えられ、マークの中心にはフリードリヒ・フォン・シラーの詩「歓喜に寄せて」（ベートーヴェン交響曲第9番第4楽章合唱の歌詞の原詩）の一節、”Überm Sternenzelt richtet Gott, wie wir gerichtet.”（星空の上で神が裁く、我等がどう裁いたかを）が書かれている。
NERV（ネルフ）のマーク
正式名称は国際連合直属非公開組織 特務機関NERV。ゲヒルンを発展解消して2010年に設立された、使徒殲滅を主要任務とする国連直属の超法規的組織。ドイツ語で神経の意味。
シンボルマークの意匠に取り入れられているイチジクの葉は、旧約聖書におけるアダムとイヴの顛末（失楽園）より。知恵の実を手にした為にエデンの園から追い出された人類の原罪を表しており、葉が半分なのは園にあるもう一つの実である生命の実を手にしていないから。
MAGI（マギ）
名称の由来はイエス・キリスト誕生の際現れた東方より来たりし3賢者（マギ）から。
三博士の名は、西洋では7世紀から次のような名が当てられている。メルキオール（黄金。王権の象徴、青年の姿の賢者）、バルタザール（乳香。神性の象徴、壮年の姿の賢者）、カスパール（没薬。将来の受難である死の象徴、老人の姿の賢者）。
ガフの部屋（扉）
ヘブライ人の伝説にある、神の館にある魂の住む部屋のこと。
全ての生命の魂が入れられている部屋、場、座であり、生命はこの部屋で魂を授かり、生まれ、また魂が還るところでもある。
生命の樹/セフィロトの樹
人間にとって到達可能な最高度の精神までの道筋が示されている他、瞑想の階梯図として、認識に至る地図として、人類の予定された歴史等、様々に読み解くことができるとされる。
上下だけでなく前後にも幹が生えており、立体的な十字架のような形をとる。ユダヤ教カバラにおける生命の樹の一つである「さかまさまの樹」と呼ばれるもの。
旧約聖書の創世記（2章9節以降）にエデンの園の中央に植えられた木。命の木とも訳される。生命の樹の実を食べると、神に等しき永遠の命を得るとされる。
（裏）死海文書
ゼーレが所持する謎の古文書。使徒の出現とサードインパクトの預言が記されている。実際に存在する死海文書とは別のものであり、ゼーレが所持するものはそれと区別して「裏死海文書」と呼ばれる。
死海文書（しかいぶんしょ、英語: Dead Sea Scrolls）あるいは死海写本（しかいしゃほん）は1947年から1956年にかけて死海の北西にある遺跡キルベト・クムラン（英語版） (Khirbet Qumran) 周辺で発見された972の写本群の総称。
アレグロは「死海文書の中に「義の教師なる人物がアレクサンドロス・ヤンナイオスによって捕らえられ、十字架にかけられ、弟子によっておろされ、その遺体が再臨の日まで守られること」がかかれており、これこそがキリスト教のルーツである」と述べ、大反響を巻き起こした。
マルドゥック機関
人造人間エヴァンゲリオンのパイロット適格者を選出するために設けられた、人類補完委員会直属の諮問機関。
マルドゥク（Marduk、マルドゥーク、マルドゥック）は、古代バビロニアで信仰された神。バビロン市の都市神。想像を絶するほど絶妙に作られた四つの耳と四つの目を持ち、この目と耳で何事も見逃さず、聞き逃さない。
ネブカドネザルの鍵（新劇場版）
ベタニアベースを脱出してきた加持がゲンドウに渡したもの。「神と魂を紡ぐ道標」、「人類補完の扉を開くもの」と言われ、頭のないヒトのようなものと、鍵のようなものがくっついた形状となっている。
ネブカドネザル（Nebuchadnezzar）とは、古代メソポタミアの王名。4人の王がこの名を持つ。旧約聖書のヘブライ語表記を元にした呼び名であり、アッカド語ではナブー・クドゥリ・ウツル（Nabu Kudurri Usur）となる。
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